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《玫瑰公寓》智娜（林智妍饰）终於重新见到姊姊智贤，但姊姊却被吊起并说著「都是因为你」之后便断气，智娜对此耿耿於怀，就连自己的爸爸也怀疑有可能是智娜间接造成姊姊死亡。不过经警方调查后，凶手已经将智贤掐到奄奄一息才将她吊起伪装成自杀。警方同时发现妹妹智娜其实说谎成性，三年前她的男友也曾失踪之后溺毙，进而将她列入嫌疑人进行审问，不过仍无直接证据。
超市大叔查理其实就是在网路上散布智贤跳舞影片的人，但他却不承认是自己制作的移花接木假影片。被警方调查后，妇女会长淑子也说查理有点过份了，而查理说这么做只是想引出智贤，想拿走她的笔电。随后警察敏秀（尹钧相饰）也来痛打了查理一顿，但当晚查理却被黑衣人刺伤，血流成河却不见尸体。
智娜男友虽然知道她说谎，但还是来到首尔找她，此时她正回到釜山，两人没见到面，男友却在玫瑰公寓看见了正在徘徊的敏秀，心生怀疑於是跟踪敏秀，发现他其实就住在附近另一栋公寓，而此时他也被敏秀绑架拘禁为人质。重案组正在调查溺死在水塔的失智大妈所吞下的钥匙，敏秀的后辈南英暗中调查著，竟发现门把上的指纹就是敏秀的……她立即连络智娜，认为只有智娜能劝说前辈自首，而警方此时也救出了被绑架的智娜男友，他直指凶手就是敏秀。敏秀逃往五犯（高圭弼饰）那里并要了一支匿名手机还偷开走了车，前往躲避。甚至将智娜迷昏掳走。
敏秀把智娜带到自己的老家并坦承一切，原来自己儿时因看母亲受到家暴而杀死了父亲。他曾在龙马警署任职，见到智娜一见倾心便开始跟踪她，偏差的关心与好奇，变成令人无法承受的执念。追踪她的SNS，利用失踪者的名字在她对面栋租了一户人家，时时刻刻监督监听著她。智娜离开公寓让敏秀太过想念，於是想赶走姊姊并让智娜回来，才绑架了智贤。智娜曾在敏秀身上感受到爱，即使知道了是他绑走了姊姊，却没有因此而讨厌他。敏秀承认自己绑架了智贤，却不是杀了她的真凶，他相信智娜会找出这个真凶，自己却留在原地选择结束生命。
南英在智娜屋内找到干掉的血迹，化验后发现入侵智娜家中的黑衣人，应该就是真正的凶手，其实是肉店老板郑大浩。看似在帮忙的五犯其实处心积虑想报复敏秀。妇女会长淑子看来是最大的赢家，继续著她的改建之梦。一位藏镜贵妇人正使用著智贤的笔电，看著这些事件的演进 。
以上是剧情说明，以下讨论人物之间的关系：
＃应该分成「绑架智贤」以及「想要智贤的笔电」两组人
以敏秀的说法看来，他很单纯的就是想要以绑架的方式再度见到智娜。而因为智贤工作的关系，可能呈报出不利於改建案的报告，让此地的改建推进委员韩美妍、妇女会长淑子以及超市查理想逼她交出笔电，避免她呈报不利资料。这几人的目标都只有改建以及高房价。
＃宗教人士淑子韩红珠
智贤的笔电应该在警方那里，但在片尾可以看出正由一位贵妇人使用著，她也正看著有关玫瑰公寓这段时间所发生的事件报告。化名为淑子的韩红珠，自多年前的宗教事件后全身而退，以展现出她的实力，再铲除韩美妍而自己一心一意要完成改建大业。此人是剧中最为神秘也最有实力的一位，几乎所有线索都与她相关。
＃超市查理与失智母亲
查理原本应是跟淑子一伙的，照顾失智母亲也是为了遗产，但查理作事风格似乎令淑子不太满意，影片在网路散布的事引发警方调查，让淑子觉得有些不妥，查理还放话「我出事的话也会找个垫背的」，於是推论很有可能是淑子找了黑衣人去捅查理，没有尸体有可能只是给他个教训去了半条命，查理最后是以失踪处理。
查理的妈妈捡到了钥匙，曾见过被拘禁在敏秀家的智贤，因查理要抢走钥匙而吞下肚。剧中说到失智的她将水塔看作是通天塔而爬上去最终溺毙，查理似乎事前不知情，通天塔在旧约故事里也是代表人类自作聪明而招致上帝惩罚的意义，人类分化并说著不同的语言，无法相互了解，似乎也意指在本剧中，智娜谎话连篇，敏秀偏差跟踪，都是觉得自己无法被他人所理解并接受。
＃五犯与假女高生
五犯原本看起来是协助朴敏秀办案的高手，没想到其实与这假女高中生是一伙的，女子骇入智娜的手机并将她全家相关资料卖给韩美妍，但韩美妍更想知道是谁拿走了宋智贤的笔电……韩美妍没留意自己旁边假惺惺的淑子（韩红珠），从以往教会事件已展现她非一般人物，她找五犯团队搜集到韩美妍的证据让她被逮捕，之后也刻意让五犯给敏秀一支匿名手机以便追踪并逮捕他。
＃入侵智娜家中的黑衣人
这个黑衣人与敏秀绑架姊姊时带著同样的面具，但目标是夺走笔电，在骇客女发现智娜透过手机告诉敏秀「找到姊姊的笔电了」之后，黑衣人便入侵家中。此人连改建促进委员韩美妍也不知道是谁，推测很可能是淑子这一方所派去的。最终也揭开此人为平时都没什么意见的肉铺老板郑大浩。应该不是专业杀手，所以才会在入侵智娜家中将她绑在浴室时弄伤了自己留下了血迹，刺杀查理的人可能也是他，才能偷偷摸摸埋伏在店内。
＃跟踪狂敏秀
敏秀因为自小看母亲受到家暴，愤怒下杀死了父亲并与妈妈共同掩埋尸体。看见了智娜而一见钟情，便开始跟踪她，滑著她的网路SNS也能追踪出她的男朋友是谁，此处不知是否有暗指智娜前男友失踪又溺毙的事件也与敏秀有关？对於智娜现任的劈腿男友，敏秀将他监禁起来除了因为他跟踪过来外，应该也有想报复他的意味。
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《玫瑰公寓》前四集中，最大前科嫌疑人李佑赫因患有精神疾病被释放，父亲始终认为他是真凶而与他发生冲突被刺，智娜（林智妍饰）与敏秀（尹钧相饰）随后赶到，此时李佑赫喃喃自语拉丁语「爱征服一切」后跳下了水坝，智娜父亲与他随后都被送医。这是李佑赫在狱中听见神父所说的，令他非常执著，家中墙壁也写满了这句话。他的律师也传来CCTV画面，表示他是在洗衣店偷拿了宋智贤的内衣裤，间接证明未入侵809号房。
智娜与线人五犯（高圭弼饰）发现在姐姐失踪期间，CCTV并未拍摄到可疑车辆进出画面，判断姐姐应还在公寓区域内。智娜想找管委会调查车辆资料时，遇见有住户反映「水有异味」，於是她希望警方打开水塔调查，但此时案子却被移交到重案一组，原本协助她的刑警敏秀仅能私下了解。没想到打开了水塔，出现在大家眼前的却是罹患失智症的超市大妈溺毙的尸体，大妈穿著失踪者智贤的外套，现场也发现智贤的手炼，死因尚不明确。解剖尸体时还发现大妈食道中吞了一把钥匙。
公寓中非常活跃的妇女会长「淑子」，以及一位画著烟熏妆的短发女子，两人似乎都有著共同的目标，就是将玫瑰公寓改建为40层楼高的华厦。失踪的智贤是一位国土研究员，她的工作似乎与公寓的改建相关，是否因此惹祸上身？公寓发生命案让短发女子相当气愤，打了淑子几巴掌，但淑子却不甘示弱也直接动手，并反过来威胁短发女子，说有把柄可以让她马上入狱，要她搞清楚自己的位置。
睡梦中的智娜遭黑衣人闯入袭击，对方是为智贤的笔记型电脑而来，智娜被反绑在浴室，幸运自行脱困并连系敏秀。查案查到一半的敏秀将智娜接到自己家，并为她买了许多生活用品，包含女性用品在内，让智娜相当感动。由於智娜从小在家里并未得到充分的爱，认为父亲也偏爱姐姐，加上她发现男友劈腿的事实，不禁难过落泪。
智娜弟弟在网路上看见大姐竟然是会跳艳舞的直播主！后来警方证实这影片是伪造的，於是也调查发现在网路上散布这不雅影片的人就是超市老板查理，五犯看到查理手机中的确存有很多智贤的照片，不过在绑架案当日查理人在江原道，有不在场证明。敏秀的同事突然看见的智贤的照片，发现是教会的一种「米斯巴习题」，请教了专家后发现牵涉到当年所谓引导教徒全体殉教的事件，妇女会长淑子是教主的左右手，竟佯装成受害者全身而退！
警方正式调查智娜遇袭案件，她带警方进入家中，但原本应该被弄乱的浴室却又变得非常整齐清洁，此时阳台传来喘息声，竟是失踪多日的姐姐智贤，被吊著脖子几乎快断气，口中念著「都是因为你…」让智娜惊声尖叫！
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