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《警校菜鳥》令人心痛的是真正永遠失去了劉大日，原本大日正在追求的奇漢娜（朴柔娜飾）在想念之餘，也從手機連接上雲端，除了能看到之前大日的照片，也發現了一則大日所錄下的影片，發現大日因為錄下了關鍵畫面而惹來殺身之禍，車禍現場所有相關證據自然都已被銷毀，表示對方也並非等閒之輩。
魏承現（姜丹尼爾飾）也告訴大家與自己金拓（李新英飾）之間為何吵架，於是大家更希望能夠抓住趙漢帥導正歪風。菜鳥們把影片拿給教授看，教授很快地就認出了影片中的人都是退休警察「辛酉會」的成員，而他們所懷疑的對象趙漢帥，一直以來都控制著辛酉會，保障自己的惡行不會被警方調查。即使教授希望大家等待，菜鳥們依舊決定自行出擊。而金拓也與大家目標一致，立即返回學校加入大家的行列。
趙漢帥方面也出手拉攏家中經濟困難的奇漢娜，要她隨時回報魏承現、金拓與高恩江（蔡秀彬飾）的動向，因此奇漢娜表面答應趙漢帥，實際成為菜鳥們的臥底。為了讓趙漢帥親口承認自己的罪行，高恩江不惜假裝成影片中的其中一位女子，被趙漢帥綁架回總部。同學們偷偷拿了學校的電擊槍等設備，並且在外點監聽著高恩江所套出的關鍵證據，最後幸好教授及時報警，逮捕了趙漢帥，魏承現的父親也承認自己的錯誤配合調查。
完成了大日的遺願，菜鳥們成長了不少卻也感到些許空虛。金拓與奇漢娜已經成為對新生最嚴格要求的教官，魏承憲與申雅莉等則學生會長與宣傳幹部，高恩江也不忘回到實習的派出所探望前輩，他們都在正直的道路上繼續成長不忘初衷，而警界的長官們也因這些事件而自我反省。
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《警校菜鳥》即將步入結局，不過最後這位大惡人並非等閒之輩，即使魏承現（姜丹尼爾飾）與高恩江（蔡秀彬飾）拿到了關鍵的筆電內含影片證據，原本答應交給江陵刑警姜南基的承現，在與恩江討論後決定交給身為警察廳長的父親處理，父親聽完事件的描述後承諾他會將證據交給搜查隊辦理。不過魏承現卻發現碰巧發現，父親竟將筆電交給他們正在懷疑的對象，也就是趙漢帥本人。
劇情也回到了一開始因公殉職的員警金賢秀（郭時暘飾），身為金拓（李新英飾）的哥哥，並且當時與教授也是同組組員。金賢秀正在進行趙漢帥的酒店進行臥底任務，身分卻遭警界高層暴露，即使拿到了關鍵資料卻因此送命。許多人都認為是時任緝毒組長，也就是魏承現的父親所走漏的風聲，金拓知道哥哥真正的死因後，也對好友魏承現以及其父親感到怨恨。
魏承現心中受到相當大的打擊，甚至離家出走寄住在獨居的教授家中，對於自己的女朋友恩江也完全不透露鬱悶心情，教授提醒承現父親可能另有苦衷。高恩江發現了男友在新學期開始後竟然連室友都換了，甚至金拓已打算退學。感覺他與金拓有心結，於是開車帶上男朋友，直奔金拓的老家去找他說明白。雖然金拓並沒有那麼容易原諒，但始終兩人進行了對話。
大日正對奇漢娜（朴柔娜飾）展開追求，也發現她有金錢壓力，於是自己下課後還去兼職酒後代駕司機，想幫漢娜一點忙。他接到一個案子來到了別墅，左等右等卻沒看見需要載送的人，加上聽見尖叫聲，於是前往建築物查看，發現裡面一群戴著安東慶典面具飲酒作樂的人，甚至女性看來處境危險。他偷偷在窗外用手機錄影。
沒想到大日被發現了，這些人都與趙漢帥有所關聯，為了毀滅證據與大日展開飛車追逐，途中大日曾致電魏承現，告訴他自己可能陷入危險，但情況貞得太過危急，在前後夾攻之下，大日所開的車就這麼墜入河中……無法打開車門的他，在水中也無法使用手機，難道大家就在這裡失去了大日嗎？他辛苦錄下的證據就這樣石沉大海嗎？
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《警校菜鳥》魏承現（姜丹尼爾飾）與同學們來到夜店慶功，卻與一名神色慌張的女子錯換了手機，而與對方約好門口交換，來的卻是一位男生，更是他與高恩江（蔡秀彬飾）在上一事件中曾見過的，成功人士趙漢帥的秘書。他表示手機主人喝得很醉，他協助拿出來交換而已。
不久後同學們相約到江陵海邊進行MT，魏承現與高恩江單獨出來散步時卻意外發現一具女屍，竟然就是手機的主人閔海智。閔海智生前曾向高恩江的姊姊借錢，甚至連筆電也放在姊姊這裡，有陌生男子不斷想辦法要拿回這台筆電，此舉讓高恩江與魏承現覺得事情並不單純。
原來閔海智拍下了影片想要威脅夜店老闆趙漢帥，趙漢帥命令秘書處理此人，並且銷毀證據影片。魏承現與金拓、恩康一起解開了電腦密碼，也看到了這段神祕的影片，而影片中雖沒有拍到趙漢帥的正面，但卻因為他手上戴著的特殊訂製款手錶而身份幾乎能確定就是趙漢帥，也是他急於銷毀影片的原因。
趙漢帥平時積極拉攏警界大老們的關係，但其實之前他曾是吸毒者，也是魏承現的父親始終與他保持距離的原因。趙漢帥表面上是一位成功人士，透過講座分享自己的成功祕訣，但私下其實在自己經營的夜店中進行不法勾當，即將被揭發的同時，便以過量毒品殺死了握有影片的閔海智。
除了魏承現以及高恩江的甜蜜戀情正在進行中，劇中的金拓與申雅莉也有大躍進，最特別的則是平時搞笑的劉大日，與總是帶著嚴肅表情的奇漢娜（朴柔娜飾）也即將擦出火花，除了案件發展中，粉紅的戀情也不遑多讓。但第11集末卻播出了高恩江拿著白菊花，在告別式上泣不成聲的樣子，8人合照畫面從彩色變黑白，高恩江旁白說著「我們之間有人無法順利和大家一起畢業」，引發觀眾不安，到底是誰即將遭遇不測？
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《警校菜鳥》上一集結尾高恩江（蔡秀彬飾）與魏承現（姜丹尼爾飾）終於確認了彼此的心意，雖然小心閃避著其他人的眼光，不過兩人還是掌握空隙享受甜蜜瞬間。除了他們，酷酷的金拓（李新英飾）也在申雅莉追問下告白自己喜歡她的心意，也令人期待這一組CP。
交往後原本期待著校外約會，魏承現卻被學長拉去聚餐，高恩江空等了一晚上只好回家，卻在家門口看到醉醺醺的魏承現提著辣炒年糕來到高恩江家，看著醉到不省人事的魏承現，高恩江只好把他拖到自己房內度過一夜。隔天一早魏承現本想偷偷離開，卻在門口被高恩江的爸爸撞見，高恩江也爽快承認兩人的確在同房間內共度了一晚。
珠英（閔度熙飾）網購一台遊戲機，卻只收到一個空盒，遭到詐騙但相當不甘心的她，約了大日與範洙協助她一起揪出嫌犯。他們依照嫌犯寄件所留下的資訊而循線追查，終於找到了這一位年輕人李世賢（朴尚勳飾），但他坦白背後仍有操縱他的人，正以暴力威脅他成為人頭帳戶進行網路詐騙。高恩江一群人答應幫他擺脫背後的操縱者，不過卻在關鍵時刻追丟了這嫌犯，同時也失去了李世賢的聯繫，案件無疾而終。
菜鳥們都被分發到派出所進行為期兩週的實習，高恩江、魏承現以及金拓都被分派到同一地點，他們在實習過程中意外發現了李世賢的奶奶正在等他回家，高恩江更鍥而不捨看了許多監視器畫面並追蹤到詐騙集團藏身處，經過一番辛苦追逐，總算逮捕了這位難纏的嫌犯，也救回了迷途少年李世賢。三人更因此受到派出所的表揚，校方也與有榮焉。
同學們一同到夜店慶祝實習結束，此時魏承現卻與一名不知名的女子錯換了手機，此女子似乎正受到不當虐待，下此毒手的人竟是警察大學圈內知名人士，甚至時常分享如何成功的講座，看似光鮮有禮卻擁有不為人知的恐怖面，菜鳥們該如何將他繩之以法呢？
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《警校菜鳥》魏承現（姜丹尼爾飾）雖錯失初吻時機，不過能與高恩江（蔡秀彬飾）拉近了距離，仍然非常開心。學校即將舉辦青藍運動會，所有學生分成三隊進行競賽，女生的成績會加倍計算，因此女生的訓練非常重要，魏承現受學長請託訓練奇漢娜（朴柔娜飾），而高恩江也正想找魏承現但只好因此作罷。
室友金拓（李新英飾）看出了魏承現與高恩江的曖昧氣流，提出自己來訓練奇漢娜而讓魏承現訓練高恩江。兩人雖然騎著腳踏車騎到汗流浹背，不過也聊了許多想法，幾乎是一次完美的約會。不久後迎來了休假，高恩江也才知道她原本的初戀柱燦學長（朴延宇飾），已經和校內的學姊分手了。她也大方表示可以陪學長度過這段時間。
魏承現也得知學長分手的事實，開始警覺柱燦學長又再度靠近恩江，於是自己也該加緊腳步，三人聚餐後又不巧聽見高恩江似乎對學長再度表白，有些落寞地先行離開，甚至接連幾天開始疏遠恩江。當運動會開始時，高恩江告訴魏承現，賽後有事情要與他說，打算表白自己真正的心意。
高恩江的腳在比賽前晚已受傷，幾乎無法走路，鐵人競賽最終項目也從原本在第一名的領先位置，成為最終的勉強完賽。原本與她感情破裂的室友奇漢娜，揹著高恩江一同抵達終點，兩人也說好回到原點重新成為朋友，高恩江不放棄任何一個人以及堅持完賽的性格，更再度吸引了魏承現。
賽後晚會中，魏承現跟室友們在舞台上的精采歌舞表現，更讓恩江看到忘我，兩人約好了會後聊聊，這次魏承現總算抓準時機，不等高恩江開口就先親了她！高恩江也正想表白自己喜歡的人並不是學長，今天是他們的第一天啦！
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《警校菜鳥》校內女生們歡天喜地跑去聯誼，男生代表魏承現（姜丹尼爾飾）跟金拓（李新英飾）卻捲入鬥毆事件。原本只單純吃完飯想要打撞球的魏承現跟金拓，目睹了櫃檯工讀生被流氓群體霸凌的現場，魏承現雖然清楚規範也不想動手打人，但兩人卻避免不了這狀況。雖然流氓被打跑，魏承現與金拓也遇見了校內的玄碩學長，學長表示要他們快離開，他會幫忙善後。
不久後進行期中考試，魏承現意外看見玄碩學長用手機作弊的事實，學長有點擔心被公開，於是拿當日兩人在撞球場與流氓打架的影片作為威脅，甚至就直接上傳到學校網站，學校雖然也找來當日被霸凌的工讀生說明，但他一開口卻咬定是警大學生先惹事，讓魏承現與金拓百口莫辯，禁足留校察看。這事件也被散佈到媒體，校方不得不自行查明真相。
高恩江（蔡秀彬飾）在聯誼時雖然遇見了不錯的男生，但魏承現同時也提醒她，希望她選擇能夠輕鬆相處的對象。在高恩江的詢問下，魏承現也用假設性的方式說明自己的現況，如果好友被挾持，雖然手上有槍但卻怕誤傷人質，高恩江說，「這時候都應該有遠方狙擊手，你只要負責傳遞信號就好」，於是讓魏承現在最後關頭終於打了電話給高恩江，請她當自己的狙擊手。
高恩江傳達了一封手寫信給那位被霸凌的工讀生，魏承憲寫著「你並不孤單」，終於讓他願意站出來提供關鍵影片，這也才發現校內的玄碩學長跟外面那些惡霸長期有關聯，並且還透過製作禮贈品收取回扣等等，終於還了魏承現與金拓一個清白。高恩江與魏承現也透過這些事情，關係又更進一步，兩人在靶場練習時距離更靠近，到底是誰的心被狙擊了呢？
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《警校菜鳥》劇情節奏明快，上一集高恩江（蔡秀彬飾）因外套中掉出不明針孔攝影機，而差點直接被退學，機智的她與首席新生魏承憲（姜丹尼爾飾）聯手，也找出了寢室中的充電器，原來真正的攝影機持有人就是她的室友奇漢娜（朴柔娜飾），而奇漢娜也開始被大家孤立，被判定留校察看3個月。她到底受誰之託進行這危險的偷拍任務呢？
在地獄教官的體罰之下，所有學生們都不敢吭聲默默承受，而魏承憲看到一次又一次的不公不義，在同學們之間挺身而出，帶頭抗議而讓這樣的風氣中止。恐怖的青藍新生訓練終於結束，這批菜鳥們也開了PIZZA慶功宴。對於校內禁止戀愛的傳言，高恩江始終很在意，因為她因為暗戀自己的家教老師，所以才進入警察大學就讀。
正當她想跟暗戀對象說話時，卻發現他在校內竟有交往的對象！還是魔鬼女教官之一……高恩江暗戀夢碎。但她也鼓起勇氣告白暗戀心情，雖然當初進入警校就讀的原因已不復存在，不過卻在此找到了更多想要成為警察的理由。家教學長看來有些錯愕，高恩江也瀟灑祝福對方，躲在牆壁後偷看到這一切的魏承憲，露出了可愛的笑容，是不是也有點喜歡高恩江了呢？
高恩江在PIZZA趴上藉酒澆愁，最後由魏承憲帶她回去並且聽見了她酒後吐露的暗戀心情，是否還有更多失誤還未播出？每位同學的背景也漸漸清晰，柔道高手金拓（李新英飾）進警校的原因應該就是為了劇情開頭殉職的哥哥金賢秀（郭時暘飾），而奇漢娜背後的恩人警察，卻與魏承憲的父親有仇，希望警察大學能夠關門大吉，所以正在收集證據中。讓大家繼續看下去。
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《警校菜鳥》其實原文劇名與之前振永及鄭秀晶主演的《警察課程》相近，不免讓觀眾們先入為主認為失去新鮮感，但其實劇情節奏緊湊，主角們的角色設定也相當鮮明。先是由一樁命案像電影般的開頭，請來了郭時暘的特別演出，說著一切的故事都始於這個事件。
魏承憲（姜丹尼爾飾）在新生群中就是最顯眼的一位，由於父親就是警察廳長，他卻從醫學系輟學報考警察學校，以榜首之姿錄取。看著魔鬼教官們對於新生不合理的磨練，未考慮到新生很可能有身體不適的狀況，他更不惜在眾人面前直接頂撞教官，當然除了他的身分特殊，這樣的個性也可能使他日後在學校的生活增加更多阻礙。
由於有位新生不堪地獄般磨練而退訓（也是特別演出的演員辛睿恩），讓原本落榜的高恩江（蔡秀彬飾）得以破格錄取，抱著開心的心情來到學校，卻在第一堂課就受到震撼教育，疑似在課堂中打瞌睡的她，被教官點名出列，但她卻認為自己並未睡著而據理力爭，不過魔鬼教官們告訴她「前輩的話就是聖旨」，沒有反駁的餘地，於是她也只好乖乖接受懲罰。
魏承憲與高恩江雖然在校外就打過照面，對彼此印象也不太好，不過看來兩人都擁有熱血又正義的個性，想必即將相互吸引。此時高恩江已被教官們認為是不受教的學生，卻又在外套中被發現一個針孔攝影機，拍攝著教官們的不當體罰行為，即使高恩江表明不知道為何身上出現這個，但卻也百口莫辯。魏承憲曾看見些蛛絲馬跡，並暗中調查與此事件相關的新生。
高恩江幾乎快被退學，也在校內遭到孤立。就在即將召開退學懲戒會議之前，高恩江請當時很可能在現場的魏承憲一起協助，暗中找出針孔攝影機的持有者，為自己證明清白。聰明的她與魏承憲一同推敲線索，卻在同寢室的室友奇漢娜（朴柔娜飾）的枕頭下發現了充電器……
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