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隨著PQ集團中最狡猾的柳勇信理事以及他的共犯朱瑛文市長，在黃東柱（任時完飾）父親出事的同一個地點，兩人座車以同樣的方式墜落海中，這樣一來能夠指認廳長印泰鎮（孫賢周飾）的人證物證也隨之消失。不過黃東柱與徐慧瑛（高我星飾）依舊暗中調查柳勇信與脫逃前的朱瑛文的所有蛛絲馬跡。
稅收五組最重要的任務還有為在松建設找到買家，避免其他企業惡性連環倒閉，以及協助其還款450億韓元。黃東柱也找上印泰俊廳長，先讓他有自首的機會，守住最後的名譽。不過印泰鎮不到黃河心不死，依舊只想找人去詳細調查稅收五組的同仁，並且絕不相信黃東柱擁有任何影像證據，即使自己的兒子也勸告他，不過印泰鎮還堅信能夠扳倒五局。
印泰鎮料想不到的是，負責監察五局的張正日，卻也有不當搜查的證據被黃東柱等人掌握，因此只能背叛了印泰鎮廳長，表示對五局的監察無結果。廳長正想參加五局的監察會議，但會議現場卻空無一人，黃東柱向他說明，曾在近國稅廳前舉報了一家PQ建設子公司，因此那家公司有了監察人制度，並在當日宣布獨立不受PQ集團控管，因此可買下在松建設承接股份。
黃東柱只想問印泰鎮，為何對他父親見死不救？印泰鎮認為那樣是最簡單的作法，不過當黃東柱拿出印泰俊離開後的影片紀錄，真正將那台車推入海中的其實是柳勇信，印泰鎮反而是第一個報警的人…不過一切都太遲了，以為會議室空無一人，其實各局處的長官都在視訊會議的鏡頭前看著印泰鎮與黃東柱的對話，而印泰鎮也在被逮捕前選擇自我了斷生命。
黃東柱離開了國稅廳，而來到其他體系繼續公務員生涯，也偶然遇見了以往的同事徐慧瑛，終於能夠露出久違的笑容。
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《Tracer》劇情即將走入大結局，廳長印泰鎮（孫賢周飾）岳父所經營的栽松建設涉嫌與下包商借款，並且打算進行惡意倒閉，租稅五組雖然阻止一切，但其中有著PQ集團理事柳勇信搞鬼，加上栽松建設社長不知去向，雖然栽松建設高層向國稅廳表示，希望拖延並召開股東大會討論被別家公司收購事宜，但一切都是柳勇信的計謀。
PQ集團柳勇信是會長的私生子，在日本才與生父見面而來到集團。他從來也不提起的過去，引發大家的好奇心。沒想到此時黃東柱（任時完飾）打開父親給他的手錶禮物，發現背蓋上竟然有一張記憶卡，記載著柳勇信從日本來到韓國，在當地曾有前科，而一直在柳勇信身邊的朱瑛文室長，原來就是柳勇信繼父的親生兒子，兩人從在日本時就各取所需而成了合作關係，但如履薄冰，相對的兩人也在等誰能先帥氣背叛對方的時機點。
栽松建設與PQ集團同一陣線的事情被公開，柳勇信夢想成為最大股東也成泡影，黃東柱仔細地分析現況，希望與他合作一起拉下印泰鎮。柳勇信雖然被動搖但仍不確定印泰鎮會背叛他，直到他看見印泰鎮與PQ集團長子柳道賢會面的影片，終於也氣急敗壞地打電話給印泰鎮，並強調自己手上握有黃東柱父親黃哲民死亡前的影像片段，讓印泰鎮開始緊張了起來，兩人相約在多年前黃哲民出事的地點。
徐慧瑛（高我星飾）得到線報，發現栽松建設消失的社長曾出現在某酒店，於是也目睹他喝得爛醉被載走，但她懷疑替他開車的人並非單純的酒後代駕，透過監視器得知此人竟是失蹤的朱瑛文室長。朱室長竟協助栽松建設社長逃跑，原來他也算是間接在協助印泰鎮的人。他比印泰鎮更早出現在相約處，開車由後方衝撞原本等在那裏的柳勇信，柳勇信拿刀劃傷了朱瑛文的頸部，血流如注的朱瑛文踩了油門讓車子墜入山谷，打算同歸於盡。
此時趕到現場的黃東柱與徐慧瑛，看著原本打算成為友軍一起拉下印泰鎮的柳勇信，座車就這樣跌落山谷，令黃東柱感嘆關鍵證據再度消失！最終回到底該怎麼處理狡猾的印泰鎮呢？
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《Tracer》黃東柱（任時完飾）目標直指地方廳長印泰鎮（孫賢周飾），五局局長吳英（朴埇佑飾）也打算收集內部好友一局局長趙鎮基的有力資料，打算揭發PQ集團以及印泰鎮岳父栽松建設的弊端。不過黃東柱與吳英都知道這是兩面刃，一旦無法拉下印泰鎮，稅收五局全體也會陷入萬劫不復。
印泰鎮與岳父的關係並不好，因此他並不會協助栽松建設面臨的危機。黃東柱帶隊前往蒐證清查，沒想到栽松建設作假帳，並且向他的供應商借貸，同樣發起連鎖倒閉效應，栽松建設破產，同時也會引起所有借他錢的中小企業供應商全部一起倒閉。PQ集團其實也切割旗下經營空殼公司作假帳的柳勇信理事，想要全身而退。
黃東柱前往栽松建設辦公室，發現有一台平板紀錄著父親的備忘錄手稿。他這才看見了父親的過往，原來父親黃哲民為PQ集團工作，進行許多不法勾當，甚至明珠電子相關的連鎖倒閉潮就是由黃哲民引起的，不斷去找負責人要求轉讓企業，造成對方全家輕生……他希望自己所做的事情不要讓兒子黃東柱知道，也坐牢付出了代價。當時印泰鎮的太太生了重病，需要醫療費用，而岳父卻要求他協助山祖銀行假借款讓中小企業倒閉，才願意付醫藥費救女兒，最後印泰鎮失去了太太。
印泰鎮發現了好友黃哲民的備忘錄，上面寫著自己主導這些倒閉潮，甚至不惜與印泰鎮岳父聯手來威脅他，即使自己也滿後悔的，當然也為此蹲了苦牢。但印泰俊實在無法接受這件事，也威脅會讓他兒子知道，兩人之後的飛車追逐造成黃哲民車輛墜崖，印泰鎮見死不救。黃東柱發現了父親的備忘錄手稿，難以接受原來父親是讓這些企業倒閉的推手。
難過到想要放棄一切的黃東柱，受到吳英與徐慧英（高我星飾）的鼓勵與安慰，讓他重新又站在印泰鎮的面前，印泰鎮雖然大動作在媒體前自清，切割自己與栽松的關聯，不過栽松建設的破產應該也是由他一手導演，國稅廳中的閔次長，捲入與山祖銀行相關的事件，也是印泰鎮最想拉下來的人。黃東柱到底有什麼妙計能夠再度逆轉情勢呢？
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《Tracer》終於要連結回17年前的案件，除了黃東柱（任時完飾）欲找出父親死亡真相，還有他的組員徐慧瑛（高我星飾），原來她就是17年前倒閉而全家人走上絕路的明珠電子案，被救回的倖存小女兒。獨自活下來的罪惡感以及生活各處挫折，讓徐慧瑛的生活相當辛苦。而她透過一篇報導發現了當時進行明珠電子稅務調查的負責人，正是五局的局長吳英（朴埇佑飾）。
徐慧瑛想起自己經歷的委屈，覺得難以再面對局長，於是做好了辭職準備。黃東柱好說歹說用盡方法想挽留她，並且提到自己在父親過世時也萬念俱灰，但徐惠瑛給了他活下去的理由，現在他也希望徐惠瑛好好面對，把當天的真相了解清楚。
吳英也使出雙面刃，來回在閔次長以及印泰鎮（孫賢周飾）廳長之間，閔次長因為丈夫就是山祖銀行的高層，絕對與使企業惡性倒閉的案件有關，為了掩蓋真相也做了一些見不得光的事。現在吳英把Gold Cash與山祖銀行的事件透過記者一一揭發，表示國稅廳還有更上層的人在主導這些事件，而閔次長以及印泰鎮只好各自出招互咬，看誰還能保住自己目前的位置。印泰鎮與兒子說明，「身為實權人物就應該有顛倒黑白的能力」，但兒子不以為然。
徐惠瑛終於想起自己存活下來的原因，當天有位大叔揹著奄奄一息的她跑了很遠，也就是吳英。並且在當時的案件中，吳英也為明珠電子爭取了很多還款時間，想協助他們脫離困境，而吳英也因這事件斷送了大好前途。徐惠瑛解開了心結，重新回到工作崗位與大家一起奮鬥。吳英手中握有關鍵證據，很可能能夠一把拉下印泰鎮廳長，但此時他也懷疑這是否為黃東柱自己的復仇計畫而已？到底真的可以站在閔次長這一邊嗎？
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黃東柱（任時完飾）隨著查明地下錢莊Gold Cash而讓四局局長李基東（李圭熙飾）無話可說，黃東柱更透過李基東了解父親死亡的始末。原來現在的廳長印泰鎮（孫賢周飾）鼓吹當時的廳長參選失利，自己的團隊即將面臨資遣丟了工作，於是必須有保命的把柄才行，李基東當時提出了當選的對手PQ集團，其會長的愛將黃哲民，手上有一本備忘錄，可能記載著能夠牽制對手的資料，於是印泰鎮對黃哲民啟動稅務調查，逼他交易出手上的備忘錄。
但黃哲民並未妥協，反而錄下與印泰鎮的對話當作最後一張牌，印泰鎮情急之下兩車展開追逐，黃哲民的車因閃避小動物而撞毀護欄，雖然原本有機會救回黃哲民本人，但印泰鎮卻選擇了只拿走備忘錄不救人。李基東說出了事情始末，黃東柱同步讓吳英（朴埇佑飾）也聽到這一切。吳英也著手調查17年前的明珠電子倒閉一事。但李基東因PQ集團以及廳長開始出招，感受到生命受到威脅，拿著所有資料在廳長面前下跪求保護，但同時把能證明廳長當天晚上與黃哲民有見面的袖扣交給黃東柱，想要打兩手牌。
黃東柱向檢方舉報資助地下錢莊Gold Cash背後的山祖銀行，其實這銀行與閔次長也有關聯，因為她先生正是副行長。山祖銀行中的某位行員韓景穆，在論壇上因良心不安而公開了山祖銀行昧著良心吸引這些貸款人，而造成家破人亡的過程。他們先是吸引以現實條件中很難貸款的中小企業，表示山祖銀行一定能貸款給他們，但卻在最後關頭拒絕貸款，使得企業求助無門也來不及再找其他貸款銀行，就只能面臨倒閉。
山祖銀行想把所有Gold Cash相關事件都歸類於個人行為，讓請假不知去向的韓景穆扛下所有責任，但黃東柱與組員都不相信韓景穆有這麼大的權力，於是繼續調查著。他們找上了韓景穆的未婚妻鄭多景，原來未婚妻的父親也曾因為債務問題走上絕路，也是因為與銀行貸款失敗，而當她知道韓景穆也做著類似工作時，一直想要他揭發真相，但韓景穆受到威脅而封口。鄭多景自己用了韓景穆的帳號上傳文章，也打扮成韓景穆的穿著讓監視器拍到，最終她也自首一切，並表示自己殺害了猶豫不決的韓景穆。
此時吳英卻發現17年前倒閉的明珠電子，似乎也有相似的情節。而因明珠電子倒閉而一夕間失去所有家人的徐慧英（高我星飾），卻開始懷疑當時負責此案稅務調查，將家人逼上絕路的就是吳英局長嗎？
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組長黃東柱（任時完飾）與徐慧瑛（高我星飾）調查了非法暴力地下錢莊Gold Cash與四局局長有關，此時竟被自己局局長吳英（朴埇佑飾）要求召開罷免會議！原因是任時完也同樣向Gold Cash進行貸款，可看作是該業者給他的賄賂收益嗎？更掀出任時完曾擔任會計師協助企業逃稅的過往，吳英表示五局新任科長已由廳長印泰鎮（孫賢周飾）原本在監察部任職的兒子調任，強力要求徹查黃東柱。
正當組員錯愕不已的同時，黃東柱依舊處之泰然，也向大家說明了這是他正在進行的計畫，因為他知道四局局長是一個狠角色，若只用一般方式肯定無法抓到他的小辮子，甚至四局局長也可動員內部勢力，很可能黃東柱的復仇計畫必須隨著自己被停職而被迫告終。這段期間內高利貸業者更是因行跡洩漏，繼續對被害者施以暴力對待。
黃東柱在自己的罷免會議上大肆說明了自己的計畫，製作一個龐大的借款鍊，他利用自己過往的專業吸引錢莊老闆因貪圖快速利息而借給他，從A錢莊借的錢再從B錢莊借錢並多還50％給A錢莊，這個模式複製了12次，金額變得龐大，而他若就此停手就會引發連鎖倒閉，這些錢莊之間都有關聯性，更是都與四局局長和下屬們脫不了關係。
四局局長向廳長當面下跪認錯，廳長只希望汙水不要濺到自己。黃東柱明白此時的四局局長必定要與背後金主見一面，於是組員也群起跟蹤，但也因為四局局長太過狡猾而失敗。不過在此過程中黃東柱見到了熟悉的面孔，原來背後金主是PQ集團的秘書。最終逼得四局局長無路可逃。黃東柱繼續鼓勵對工作已失去自信的吳英往上爬，面對父親老友，黃東柱突然拿出了父親事故現場遺留的袖扣，印泰鎮似乎知道自己就是下一個目標，黃東柱臉上露出了複雜又意義深長的表情……令人期待第二系列的劇情！黃東柱將正式為父親洗刷冤屈！
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《Tracer》國稅局貪腐的內部正在進行換血，新來的組長黃東柱（任時完飾）透過重啟調查的案件，將有嫌疑的稅收三局與五局局長都拉了下來，而三局局長任時完邀請了自己的老長官盧善珠出任，五局局長則是由白總長提名的吳永（朴埇佑飾）出任，其中的四局局長顯得有些失勢。
四局局長也曾出現在黃東柱父親的命案現場，當然也是他復仇的目標之一，四局早從三局局長那裏聽來黃東柱的動機，自然也已有所防備。黃東柱與組員正在調查四局早已結案的案件，也就是GoldCash的地下錢莊。在這裡借錢的年輕人，雖然表面上借的金額並不多，但未還錢時卻都受了重傷仍然緊閉嘴巴不說一句原因，黃東柱發現他們都被強迫加入高額保險，而受傷的話則有機會請領高額保險金。
此集也提到了女主角的身世，徐慧瑛（高我星飾）原來也是出身在一個走投無路的家庭，父母原本要帶全家一起吃藥尋死，徐慧瑛卻因姊姊的提醒而未吃藥，但也因此被交往中的男友家人責難，感情路將因此中斷。黃東柱組長在協助被GoldCash毆打的年輕人時，要他們務必好好活下去，勉勵的話也同時讓徐慧瑛淚流滿面。
四局局長私下找黃東柱要求掩蓋GoldCash案件，當然沒有被答應，加上連總長都出面要求中央地方廳長印泰鎮（孫賢周飾）不要再搞出案件來，不過看來印泰鎮有自己的想法，早已找人開始攻擊五局，甚至爆料出吳永局長曾直接給受害人家屬金援，雖然是出於同情但實屬違法行為。不過黃東柱也握有四局局長的不法證據。
吳永看見自己的同仁以及長官開始被四局的大動作搜索而受累，直接找四局局長溝通想進行交易，於是吳永以黃東柱違反調查程序必須先行告知為由，要求他即日起停職，難道黃東柱就是他們交易的籌碼嗎？
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《Tracer》本次稅收5局收到舉報，在國稅局被認定為繳稅模範的企業OZ食品，其實公司幹部因想舉發而受到公司代表暴力對待之後死亡。5局組長黃東柱（任時完飾）直接衝進會議並帶有影片證據，情急之下黃東柱更說是由5局安局長指示的，在那樣的場面中局長也承認自己要求組員們調查此案，但組員們前往搜查帳簿卻未果，帳簿早已被移轉到其他地方。
原來黃東柱看出了3局局長與5局局長與這企業都有所關聯，很可能在調查前向OZ洩漏秘密，甚至協助存放帳簿，兩組人馬都開始被內部起底調查。而這樣的情況讓公司的監察組也進退兩難，究竟是應該承認內部貪汙勾結，還是應該對外承認誤信OZ集團為模範企業，逼得中央地方廳長印泰俊（孫賢周飾）在媒體前公開表明立場。
黃東柱來到國稅廳的原因越來越明確，但似乎不僅是為了一件事或一人而來，父親葬禮時高我星曾出現在現場，並且給了他父親死亡當天的一些監視器與行車紀錄器調查資料，黃東柱翻閱了所有影片，卻發現漏了一台車沒被記錄，原來那台車就是目前廳長印泰俊的座車，表示他父親的死亡與廳長脫不了關係，雖然廳長與黃父有著好交情，但黃東柱依舊抱持懷疑。
黃東柱擅長動搖人心，不斷向廳長表明希望能在他左右輔佐他，並且把他身邊不忠實的部下全部剔除，故意將廳長貪汙相關的資料同時給了廳長本人以及3局局長，而讓廳長看見3局局長想要留一手資料的心態。拔掉了3局與5局，黃東柱想找來自己的人馬建構新團隊，不過5局的科長吳永（朴埇佑飾）以往曾遭陷害背了黑鍋，而讓原本他的部下都升職當上了局長，目前國稅廳廳長又再度拉拔吳永負責重要事務，這點讓中央地方廳長印泰俊相當吃味，將再掀起腥風血雨。
黃東柱的計畫正一步步實現，人性的貪婪也總在他的掌握之中，但吳永很可能是一個不受控的變數，兩人下一集即將出現對立。
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《Tracer》一開始就說明了黃東柱（任時完飾）曾是一名為大企業作假帳的會計師，但他卻呆站在下雪的夜晚現場，望著從河內打撈出來的車輛，原來他的父親遭陷害而死，被操作成自殺，內情並不單純，此時找上他的國稅局調查專員徐慧英（高我星飾），雖然提供了一些證據並表達歉意，不過黃東柱只打算自己查出所有事件真相。
當黃東柱一當上公務員進入國稅廳，就已經以自己的方式搞定想逃稅20億元的球星，雖然欠稅大戶都像流氓難搞，黃東柱總能抓住對方的弱點而收回稅金，他也表明來意，想到改變整個國稅廳，直接找到國稅廳本廳的第三勢力任泰俊（孫賢周飾）表明合作意願，目前的廳長仍支持另一位女性次長閔素英，於是任泰俊將黃東柱派遣至稅收五組擔任組長。
從小看見父親被誣陷，黃東柱曾協助PQ集團子公司作帳，也知道父親的死與PQ集團絕對相關，而這些大企業總有國稅廳高層人士的協助，所以總能脫身卻讓其他人揹了黑鍋。但他來到的稅收五組是個爛到不行的地方，除了沒尊嚴常被民眾砸東西之外，還奉行著「只要不做事就是在工作」的原則……讓黃東柱早已嗅出腐味。
黃東柱一到職就拿著榔頭到欠稅大戶家中，雖然組員被耍得團團轉差點無功而返，黃東柱卻一槌砸爛豪宅的柱子，藏在天花板的贓款全部掉了出來，電視台的播出也讓他聲名大噪。但國稅廳的高層卻緊張了起來，總有一天他們為欠稅大戶掩蓋的事實會被揭發，黃東柱除了表面上立下功績追回稅金外，更大的目的是揪出內部高層與企業的勾結。
而曾與他在父親事故現場見面的徐慧英，也是稅收五組的調查員之一，兩人的緣份可不一般，原本想辭職的徐慧英將找回工作的初心，成為黃東柱的得力助手。黃東柱在下週就即將在高層會議上直指內鬼，雖然只是組長，但炮口卻對著科長、局長甚至更高層，令觀眾們看起來痛快不已。
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